一單化學武器交易，引來恐怖組織瓦干布的覬覦，進而演變為劇院挾持人質事件。正值休假的飛虎隊員張嘉軒、高子樂、余曉欣（小魚）被牽連其中，與O記警探何家寶一起被困現場。飛虎隊總指揮范少鋒臨危受命，在支持組組長Don的協助下，率飛虎隊與恐怖分子鬥智鬥勇。最終裡應外合，成功解除危機，除頭目Renee外全殲敵人。然而，化學武器賣家身份成迷，恐怖分子仍在暗處蠢蠢欲動，香港面臨有史以來最大的安全危機。

 

瓦干布策劃下一步行動，訪港的反恐專家Andrew成為復仇目標。原來瓦干布是沛國落難皇室，多年來一直密謀復辟。而Andrew正是當年參與推翻沛國政權的策劃者之一。Andrew遭瓦干布綁架，飛虎隊出動營救人質，卻誤墮陷阱，死傷慘重，總指揮范少鋒當場犧牲，樂的意中人小魚身受重傷。此役過後，飛虎隊元氣大傷，前飛虎隊成員展博文被指派擔任新總指揮。文以破格方式訓練隊員，重振飛虎士氣。

 

國際刑警Mike為追查瓦干布下落，從東京返回香港。鋒的葬禮上，Mike、文、Don三個前飛虎隊員再次聚首，卻勾起難以面對的往事。Mike與文心懷芥蒂，不歡而散。

 

警務處長授意文挑選飛虎及警隊各部門精英，組建特別小組S Team. 隊員包括Don、軒、樂、寶。S Team首戰告捷，成功從瓦干布洗黑錢的金融公司入手，凍結其資金。瓦干布另一首腦Leo現身香港，主動接觸裕天藥業的董事長杜文彬，要求其交出化學武器DH2，更不惜綁架杜文彬之妹杜以盈作為要脅。

 

S Team立即接手調查，順藤摸瓜，解救出杜文彬兄妹，更成功逮捕Renee. 瓦干布為營救Renee，做出殊死一搏。文率飛虎及時突破盲點，成功追捕並擊斃Leo，Renee當場自殺。在整個追捕行動中，文不滿Mike屢次介入，指責Mike在香港越權執法。兩人針鋒相對，衝突不斷。樂也因報仇心切，有違抗命令之舉，與文產生爭執，最終以樂離職告終。

 

瓦幹布被剿滅，但化學武器來源的線索卻也隨之中斷。彬聲稱對DH2一無所知，但文認為事有蹊蹺，下令對彬展開全面調查。軒與兒時好友許森重逢，得知對方回港後入職了彬的公司，森與彬似乎有著神秘關係。

 

樂離開S Team後，機緣巧合成為盈的保鏢。樂暗中調查彬，發現他曾有一間秘密研究室，多年前發生意外後關閉，當年的研究主管蔡肇培也從此失蹤。S Team深入調查，成功找回失蹤多年的培，此時Mike亮出其隸屬國際反恐組織的真實身份，要求S Team將培交出，此舉令文和Mike二人間隙加深。警務處最終同意將培交給國際反恐組織。然而就在培被轉移到安全屋後，發生一宗意外，培成功逃脫。

 

Mike懷疑組織有內鬼，調查時反被嫁禍。文下令拘捕Mike，Mike拒捕逃跑。Don調查發現種種可疑之處，決定秘密幫助Mike查出真相，最終二人發現這一切的幕後黑手，竟是Mike的上司，Mr. T。二人帶著真相找上文，文最終相信二人，下令抓捕Mr.T，過程中Mike和文雙雙遇險，兩人終於放下成見，默契合作，逃出生天。

 

隨著S Team進一步調查，發現Mr.T和森竟然同屬一個神秘組織「Infinity」. 當年培研發化學物抗毒劑，過程中意外研製出DH2，極可能成為威力強大的化學武器。為得到DH2，「Infinity」派森潛入到彬身邊，意圖取得當年研究資料。

 

與此同時，鵬港特工也找上彬，以其失蹤多年的髮妻玥作為威脅，要求其研發DH2. 救妻心切的彬在森的幫助下，找到了逃脫的培，說服其重啟DH2的研究。

 

S Team查出事件真相，展開多方行動：由Mike和Don負責找到彬的秘密研究室，取回DH2的研究資料；由文和軒帶隊，阻止彬與鵬港特工的交易。最終在一番激戰後，S Team成功完成任務，挫敗了「Infinity」的陰謀。

 

軒與寶幾番出生入死，感情逐步加深，終定下婚約；盈原諒樂利用自己查案一事，樂也放下了對小魚的執念，和盈走到一起；Mike終於解開心結，直面對莉（文之妹）的感情；Don與前妻倩找到了更好的相處方式，感情更勝從前；文終於得以休假，決定帶身患漸凍症的妻子筠環游世界。

 

然而案情並未結束，失蹤的森帶著殘存的DH2資料，躲到在一個荒蕪小島上重新開始研究，更利用逃犯進行試驗。消息傳出後，警務處長召集S Team，前往荒島。已陷入瘋狂的森在DH2的基礎上研製出一種高濃度毒劑，是為威力更強大的新型化學武器，一旦接觸，會令人出現極端的暴力傾向。森為了對付S Team，解放出諸多已喪失理智的兇殘逃犯，S Team迎來最後一戰……